Päätöksen purkua voidaan hakea korkeimmalta hallinto-oikeudelta. Päätös voidaan purkaa menettelyvirheen, muun ilmeisen virheen tai erehdyksen taikka uuden selvityksen perusteella. Purkuperusteet ovat kanteluperusteita laaja-alaisemmat, mutta purkukynnys on korkeampi, sillä päätöstä ei saa purkaa, ellei se loukkaa yksityisen oikeutta tai julkisen edun katsota vaativan päätöksen purkamista. Purkua on haettava viiden vuoden kuluessa siitä, kun päätös sai lainvoiman. Samassa ajassa on suoritettava purku ilman hakemusta tai esitystä. Erityisen painavista syistä voidaan päätös purkaa määräajan jälkeenkin. Purkua ei saa hakea, jos päätöksestä voidaan samalla perusteella tehdä perustevalitus tai kantelu. Purku on siten toissijainen keino kanteluun nähden. Purku voidaan kuitenkin tehdä menettelyvirheen perusteella, jos kantelun määräaika on jo päättynyt.
Kansainvälisessä vertailussa Suomen järjestelmä poikkeaa siitä, millä tavoin päätöksen tehneen hallintoviranomaisen prosessuaalinen asema on tavallisesti järjestetty muissa maissa. Niissä on tavallista, että päätöksen tehneellä viranomaisella on asianosaisasema oikeudenkäynnissä (ks. luku 2.3 Kansainvälinen kehitys). Suomessa on arvioitu, että jos viranomainen olisi prosessuaalisen vastapuolen asemassa, tämä voisi heijastua jo hallintomenettelyyn ja luoda tarpeetonta vastakkainasettelua.
Suullista käsittelyä koskevien tarkempien prosessisäännösten puuttuminen on johtanut siihen, että suullisen käsittelyn kulussa voi olla eri hallinto-oikeuksien kesken eroja, jotka eivät liity pelkästään asian laatuun tai siihen, käyttävätkö oikeudenkäynnin osapuolet lainoppinutta asiamiestä tai avustajaa. Menettelysäännösten yleispiirteisyys voi vaikeuttaa asianosaisten ja heidän asiamiestensä tai avustajiensa valmistautumista suulliseen käsittelyyn. Sama koskee katselmusta.
Käräjäoikeudella on oikeudenkäymiskaaren 7 luvun säännösten mukaan yleinen toimivalta antaa turvaamismääräyksiä myös hallintolainkäyttöasioissa. Hallintolainkäyttölaissa ei ole säännöksiä muista asianosaisen oikeutta turvaavista väliaikaismääräyksistä kuin täytäntöönpanomääräyksistä.
Hallintotuomioistuimen päätös voi vaikuttaa välittömästi myös niiden oikeuteen, etuun tai velvollisuuteen, joilla olisi ollut oikeus valittaa aineellisena asianosaisena hallintopäätöksestä, mutta jotka eivät ole hallintotuomioistuimessa prosessuaalisia asianosaisia esimerkiksi sen vuoksi, että alkuperäinen hallintopäätös on ollut heidän kannaltaan myönteinen.
Asian käsittelyn aikana tehtävä erillinen valitus päätöksen täytäntöönpanoa koskevasta välipäätöksestä voi pidentää oikeudenkäynnin kestoa. Tuomioistuin voi tarvittaessa asianosaisen vaatimuksesta tai oma-aloitteisesti muuttaa täytäntöönpanoa koskevaa päätöstään tai antaa uuden määräyksen asian käsittelyn aikana, joten asianosaisen oikeusturvan ei voida arvioida vaarantuvan, vaikka erillisestä muutoksenhakuoikeudesta täytäntöönpanoa koskevaan päätökseen luovuttaisiin.
Hallintoasiaa koskevassa oikeudenkäynnissä tasapuolisuutta on tarpeen arvioida erityisesti hallintopäätöksen tehneen viranomaisen ja päätöksen kohteena olevan yksityisen asianosaisen välisessä suhteessa. Sekä viranomaiselle että yksityiselle asianosaiselle on taattava tasapuolinen mahdollisuus esittää todisteita, perusteluja ja vaatimuksia sekä nimetä todistajia menettelyn kuluessa. Jos asianosaisia on useita esimerkiksi kilpailevina luvanhakijoina, tasapuolisuusvaatimus koskee myös näiden asianosaisten keskinäistä kohtelua. Siten kaikilla oikeudenkäynnin osapuolilla tulee prosessuaalisten säännösten perusteella olla yhdenvertaiset mahdollisuudet saada tietoa sekä esittää vaatimuksensa ja perustelunsa.